Trypanosoma lainsoni fue identificado por primera vez en un roedor, Mesomys hispidus, en el estado de Amazonas, al norte de Brasil. Posteriormente, nuestro equipo amplió su registro geográfico al detectarlo en un felino (Leopardus geoffroyi), del cual se obtuvo el aislado Le29, y en dos individuos del género Calomys, de los que se aislaron Ca37 y Ca47, capturados en el Parque Nacional Copo (provincia de Santiago del Estero, Argentina).

A pesar de estos hallazgos, la distribución geográfica de T. lainsoni, sus vectores potenciales, su capacidad para infectar otros mamíferos y su patogenia siguen siendo prácticamente desconocidas. Además, no se cuenta con marcadores moleculares sensibles para su detección en muestras biológicas, lo que limita su identificación al análisis filogenético del gen 18S de ADNr. Tampoco se dispone de un genoma nuclear completo, secuenciado y ensamblado, lo que dificulta el desarrollo de herramientas diagnósticas eficaces y la comprensión de su biología.

Como primer paso, se realizó la secuenciación del genoma nuclear del aislado Le29, obtenido a partir de L. geoffroyi, utilizando dos tecnologías complementarias: el secuenciador NovaSeq 6000 (Illumina), que genera lecturas pareadas cortas de alta calidad, y el secuenciador MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies), que produce lecturas largas útiles para abordar las dificultades asociadas a genomas complejos y altamente repetitivos, como los de los tripanosomátidos, aunque con una mayor tasa de error.

Este estudio se centra en la evaluación comparativa de herramientas de ensamblaje del genoma nuclear del aislado Le29, disponibles en la plataforma NanoGalaxy, y en un análisis preliminar de la diversidad genética intraespecífica entre los tres aislados. Cada ensamblado fue evaluado con QUAST, midiendo la calidad mediante métricas como el número de contigs, la longitud del contig más largo y los valores estadísticos N50, N90, L50 y L90, entre otros.

La comparación se realizó tanto antes como después del proceso de corrección o pulido, en el cual los ensamblados fueron alineados con las secuencias de Illumina para detectar y corregir errores. Considerando que cada genoma puede beneficiarse de estrategias de ensamblaje particulares, se seleccionaron los ensambladores Flye y Raven por su capacidad de trabajar con lecturas largas y abordar los errores asociados a la tecnología ONT. Ambos demostraron ser efectivos para ensamblar el genoma del aislado Le29, generando ensamblados robustos y de alta calidad.

La información obtenida es clave para el desarrollo de métodos de diagnóstico molecular que permitan identificar con precisión este parásito. Este trabajo constituye un paso fundamental hacia la caracterización genética de Trypanosoma lainsoni.