La Universidad Nacional de Salta (UNSa) tuvo su núcleo fundacional en la Delegación Salta de Escuela de Geología de la Universidad Nacional de Tucumán en el año 1973. Originalmente las actividades de investigación se desarrollaron en tres institutos: el Instituto de Beneficio de los Minerales (INBEMI), enfocado en el aprovechamiento de minerales; el Instituto de Investigación en Energías No Convencionales (INENCO), en el que se realizan investigaciones en el campo de la energías renovables y no contaminantes y el Instituto de Investigaciones para la Industria Química (INIQUI) donde las actividades están enfocadas en la tecnología de alimentos, catálisis y petroquímica.

La Misión de Estudios de Patología Regional Argentina (MEPRA) creada en 1925, por el Prof.  Salvador Mazza en la ciudad de San Salvador de Jujuy y el Instituto de Medicina Regional fundado en 1942 por  el Dr. Cecilio Romaña en San Miguel de Tucumán, fueron instituciones pioneras de investigación dedicadas al estudio de la Enfermedad de Chagas. En la Provincia de Salta, los problemas sanitarios ocasionados por la infección con Tripanosoma cruzi fueron siempre atendidos por el Ministerio de Salud Pública, pero en este organismo no se desarrollaban tareas de investigación científica en el tema.  El cierre de la MEPRA, acaecido en el año 1945,  tuvo un impacto negativo en la investigación biomédica en el Noroeste Argentino. Atendiendo a esta situación, el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) aprobó y subsidió la instalación del “Laboratorio de Patología Experimental” en la Facultad de Ciencias de la Salud de la UNSa en 1981. El establecimiento de esta institución científica estuvo a cargo del Dr. Miguel Angel Basombrío, quien con un grupo reducido de colaboradores comenzaron a realizar investigación científica en el tema de la Enfermedad de Chagas. Durante la primera década, se realizaron estudios a campo y en el laboratorio sobre aplicación de procedimientos de inmunoprotección a reservorios domésticos de la Enfermedad de Chagas, financiados por subsidios de CONICET. Desde entonces el laboratorio fue creciendo en términos de infraestructura y recursos humanos debido a la obtención de importantes subsidios nacionales e internacionales y consecuencia de la importante contribución científica que hicieron sus integrantes. La consolidación definitiva de la institución como centro de investigación de referencia en el Noroeste Argentino se da en 2009, cuando CONICET aprueba la creación del Instituto de Patología Experimental como una Unidad Ejecutora de doble dependencia Universidad Nacional de Salta-CONICET.