La misión del IPE es fundamentalmente la investigación de alta calidad, pero también la formación de investigadores y profesionales especialistas, en enfermedades endémicas regionales y otras no trasmisibles. El grupo académico del IPE participa activamente en actividades docentes, principalmente en las Facultades de Ciencias Naturales y de Ciencias de la Salud dependientes de la UNSa, como así también de la Universidad Católica de Salta. Otra misión de la institución es la divulgación de los conocimientos científicos mediante seminarios científicos y también la de transferencia de los mismos, particularmente al medio local para su potencial aplicación en la resolución del problema sanitario regional que representan la Enfermedad de Chagas y la Leishmaniasis. Es decir, nuestra misión también es brindar apoyo científico y tecnológico a instituciones sanitarias de la provincia en materia de evaluación clínica y diagnóstico de estas enfermedades.