El servicio básico ofrece al solicitante el análisis bioinformático de datos tanto de secuenciación masiva de amplicones (para la identificación de diversidad de bacterias en una muestra biológica) como de secuenciación de genomas pequeños. El solicitante debe aportar los datos de NGS crudos provenientes de la plataforma de secuenciación. El servicio incluye además el asesoramiento para el procesamiento y extracción de ADN de las muestras a evaluar.

Los datos provistos por el solicitante son procesados, filtrados en calidad y analizados en nuestra facility para llevar a cabo: mapeo contra genoma de referencia, ensamblado de novo, llamado de variantes, análisis filogenético y anotación en el caso de la secuenciación de genomas completo. En el caso de secuenciación de amplicones de 16s de bacterias, se utiliza software específico como QIIME2 para determinar composición de especies, medidas de diversidad alfa y beta y estudios de asociación. En el caso de que el solicitante lo requiera, a partir de la muestra provista por el mismo se realizará la extracción de ADN mediante kit comercial, verificación de calidad de ADN mediante Nanodrop y evaluación de integridad en gel de agarosa. La muestra de ADN resultante se envía a secuenciar a una plataforma Illumina nacional o internacional donde se secuencia usando kits de fragmentos cortos (ej 150bp) en el caso de genomas o 250bp en el caso de secuenciación de amplicones. En el caso de muestras humanas, el solicitante deberá contar con aprobación de comité de ética (y sólo con fines de investigación). Se entrega un informe de resultados que no reviste carácter de certificación.