Tras la publicación de nuestro método de tipificación de DTUs de Trypanosoma cruzi mediante secuenciación profunda de la región hipervariable de los minicírculos (mHVR), una colaboración nos llevó a dar el siguiente paso: diseñar un algoritmo capaz de determinar el genotipo particular (dentro del DTU) que está presente en una muestra biológica. En el presente trabajo evaluamos un enfoque basado en perfiles de k-mers, usando las secuencias de mHVR de 62 cepas de referencia que representan los seis DTUs. A partir de estos perfiles construimos un árbol filogenético que distingue claramente los seis linajes de T. cruzi y entrenamos un clasificador bayesiano para la asignación de muestras desconocidas. Simulaciones con submuestreo y mezclas confirmaron que, incluso con información parcial, el modelo asigna correctamente la mayoría de las muestras a la cepa correspondiente o, en su defecto, a una cepa cercana. Además, al probarse en muestras biológicas de pacientes (DTUs I, V y VI), el clasificador asignó a nivel de cepa las muestras infectadas con con las DTUs TcI y TcVI, mientras que las infectadas con TcV presentaron dificultades al ser tan parecidas entre ellas. Estos resultados respaldan la viabilidad del método y constituyen un punto de partida para indicar a qué cepa o grupo de cepas dentro de un DTU se asemejan los parásitos presentes en una muestra.

Desayuno a la canasta