La leishmaniasis tegumentaria (LT) es una enfermedad endémica en la provincia de Salta, Argentina. Es causada por parásitos protozoarios del género Leishmania y transmitidas por insectos flebótomos, del género Lutzomyia. Una de las presentaciones clínicas es la forma cutánea. Las úlceras se acompañan con la presencia de sobreinfecciones bacterianas que provocan dolor y exacerban la lesión. La presencia y la gravedad de estas infecciones secundarias depende de múltiples factores ambientales, piel del hospedador y microbiota transmitida por el insecto vector durante la alimentación. En el presente trabajo, se realizó un estudio exploratorio sobre la filogenia bacteriana presentes en lesiones de pacientes diagnosticados con LT, de zonas endémicas de la provincia de Salta, mediante un análisis de metagenómica. A partir de muestras de lesiones se extrajo ADN, el cual fue enviado al servicio de secuenciación de NOVOGENE, para amplificación por metagenómica de las regiones V3 y V4 del gen 16SARNr. El análisis bioinformático fue realizado utilizando el software QIIME2. Luego del filtrado de lecturas en baja frecuencias y de taxones presentes en menos de 5 muestras, se identificaron 37 OTUs. De acuerdo al porcentaje de frecuencias obtenidas de cada OTUs, se observó que la especie predominante fue Staphylococcus aureus (36%). Además, identificamos otras especies reportadas en heridas de piel e infecciones polimicrobianas tales como, Anaerococcus murdochii (17% y 7.9%); Shigella flexneri (5.35%); Peptoniphilus sp. (3.4%) y Pseudomona sp. (0,36%). Por otra parte, identificamos en frecuencias menores al 1%, taxones de bacterias reportadas como no patógenas para humanos. Finalmente, identificamos una especie pertenece al género Candidatus_Arthromitus, en 5/7 muestras, en una frecuencia de 0,1%; reportado previamente en insectos. El presente trabajo permitió conocer la diversidad bacteriana en lesiones de pacientes con LT e identificar que algunas de ellas podrían provenir del vector. Estos trabajos abren puertas para realizar estudios de asociación entre la presencia de determinadas bacterias y la severidad de las lesiones ulcerosas.