Lic. Anahí Díaz

Becaria doctoral

Instituto de Patología Experimental

“Dr. Miguel Ángel Basombrío”

CONICET-UNSa

"Tipificación de cepas de Trypanosoma cruzi por medio de secuenciación con MinION"

Trypanosoma cruzi es el agente causal de la enfermedad de Chagas. Este parásito muestra una marcada diversidad genética, clasificada en seis Unidades de Tipificación Discretas (DTUs), TcI - TcVI. Este parásito cuenta con una única gran mitocondria, la cual tiene miles de minicírculos con cuatro regiones hipervariables (mHVR) cada uno. Debido al gran número de copias por parásito es que las mHVR son utilizados para la detección de T. cruzi y para la identificación de cepas y DTUs. Previamente, se propuso la secuenciación masiva de las mHVR utilizando Illumina para tipificar T. cruzi, sin embargo, la accesibilidad de esta tecnología puede ser limitada en regiones endémicas. Por lo tanto, es importante evaluar alternativas. El secuenciador MinION de Oxford Nanopore Technologies (ONT), resulta una opción de bajo costo y de fácil accesibilidad que permite ver los resultados de la secuenciación en tiempo real. Es por esto, que en esta oportunidad buscamos evaluar si el esquema de tipificación propuesto para Illumina puede ser utilizado con el secuenciador MinION. Para esto, se seleccionaron 24 cepas y se construyó su respectiva librería para la secuenciación de mHVR. Además, se diseñaron scripts en la plataforma Google Colab para el análisis de datos. Los resultados mostraron que la secuenciación de las mHVR con MinION permite tipificar correctamente las cepas lo que sugiere que es posible probar este esquema para muestras biológicas.

9 hs en el laboratorio central del IPE

Desayuno a la canasta

Se ruega puntualidad